El formato del MBE incluye la realización de un conjunto de cursos obligatorios y electivos, más un proyecto de innovación tecnológica en la gestión de una empresa. Esta empresa puede ser donde trabaja el estudiante o donde ejecuta su residencia. El proyecto de grado se lleva a cabo durante todo el programa y tiene como objetivo brindar al alumno una experiencia significativa y práctica dentro de la empresa, donde se puedan aplicar los conceptos entregados en los cursos del magíster.
Los cursos de este programa pueden ser agrupados en cuatro pilares fundamentales: Gestión y Diseño del Negocio, Diseño de Procesos, Tecnologías de Información, e Innovación. En conjunto, estos pilares tienen como objetivo entregar a los estudiantes una formación integral y multidisciplinaria, que les permita desenvolverse en distintas áreas de la compañía y liderar soluciones orientadas a aumentar la competitividad del negocio.
Los cursos son impartidos presencialmente en el Departamento de Ingeniería Industrial de la Universidad de Chile y se distribuyen en tres semestres académicos, más un semestre para dar término al proyecto de grado. El horario de clases es Viernes de 14:30 a 19:30 horas, Sábado de 8.30 a 11.45 horas, más un día para cursos electivos de Lunes a Jueves de 18:15 a 21:00.